Chaque baleine à bosse qui fait surface au large de Juneau a probablement parcouru environ 3 000 miles depuis les zones de reproduction d'Hawaï pour se nourrir dans les eaux froides et riches en plancton du sud-est de l'Alaska.
Les excursions en petit bateau d'observation des baleines à Juneau tracent un itinéraire à travers le passage Stephens et les canaux découpés en fjords qui s'étendent depuis la capitale de l'État, où la fonte des glaciers et les courants de marée profonds concentrent le hareng et le krill pour lesquels ces animaux reviennent.
Juneau se trouve coincée entre le canal de Gastineau et la chaîne Côtière, accessible par mer et par air, mais pas par route. Cet isolement a façonné l'évolution de l'observation de la faune ici. Bien avant que les catamarans ne s'alignent sur les quais sous le mont Roberts, les patrons de pêche transportaient des passagers curieux pour observer les baleines à bosse plonger et les orques fendre la surface. L'excursion moderne en petit bateau d'observation des baleines à Juneau est issue de cette tradition de port de travail, conservant l'intimité d'une petite coque par rapport à l'échelle d'une navette de bateau de croisière.
Les eaux récompensent la patience. Les baleines à bosse pratiquent ici l'alimentation au filet de bulles, une technique coopérative dans laquelle un groupe souffle un rideau de bulles en spirale pour rassembler les poissons, puis remonte à travers celui-ci la bouche grande ouverte — un comportement documenté dans peu d'autres endroits sur Terre. Le marsouin de Dall et le petit rorqual occasionnel partagent ces mêmes canaux. Les otaries de Steller se prélassent sur les balises rocheuses, les pygargues à tête blanche profitent des courants thermiques au-dessus de la forêt nationale de Tongass et les phoques communs dérivent près de la limite des eaux de marée du glacier Mendenhall. Une croisière en catamaran en petit groupe se faufile entre ces observations sans le remous d'un navire plus grand.
Auke Bay, au nord du centre-ville, sert de point de départ principal, sa marina abritée s'ouvrant sur les zones d'alimentation des canaux Favorite et Saginaw. De là, le Passage Intérieur se déploie en un réseau d'îles boisées, chacune constituant un brise-vent qui maintient les mers plus calmes que dans le golfe d'Alaska ouvert. Le glacier lui-même a reculé de plus d'un mile depuis le milieu du XXe siècle, façonnant à nouveau le littoral que les bateaux longent désormais. Une croisière d'observation de la faune côtière associe souvent ces goulets à la face bleue du glacier, mêlant géologie et vie marine en une seule après-midi sur l'eau.
Ce qui attire les voyageurs vers les petits bateaux d'excursion d'observation des baleines à Juneau est moins le spectacle que la proximité : le souffle expiré d'une baleine qui fait surface se propageant sur l'eau calme, assez proche pour être entendu.
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