Ogni megattera che emerge al largo di Juneau ha probabilmente nuotato per circa 3.000 miglia dalle aree di riproduzione delle Hawaii per nutrirsi nelle acque fredde e ricche di plancton dell'Alaska sud-orientale.
I tour in barca piccola per l'avvistamento delle balene a Juneau seguono una rotta attraverso lo Stephens Passage e i canali scavati dai fiordi che si diramano dalla capitale dello stato, dove lo scioglimento dei ghiacciai e le profonde correnti di marea concentrano le aringhe e il krill per i quali questi animali ritornano.
Juneau si trova incuneata tra il Gastineau Channel e le Coast Mountains, raggiungibile via mare e via aria ma non su strada. Questo isolamento ha plasmato l'evoluzione dell'osservazione della fauna selvatica locale. Molto prima che i catamarani si allineassero sui moli sotto il Mount Roberts, i comandanti dei pescherecci trasportavano passeggeri primi per osservare le megattere che si lanciavano e le orche che tagliavano la superficie dell'acqua. Il moderno tour in barca piccola per l'avvistamento delle balene a Juneau è nato da questa tradizione di porto di lavoro, conservando l'intimità di uno scafo piccolo rispetto alle dimensioni di una lancia da nave da crociera.
Le acque premiano la pazienza. Le megattere qui praticano il bubble-net feeding (alimentazione con rete di bolle), una tecnica cooperativa in cui un gruppo soffia una cortina a spirale di bolle per radunare i pesci, per poi risalire attraverso di essa a bocca spalancata — un comportamento documentato in pochi altri luoghi sulla Terra. Il focenoide di Dall e l'occasionale balenottera minore condividono questi stessi canali. I leoni marini di Steller si riposano sui picchi rocciosi, le aquile calve cavalcano le correnti calde sopra la Foresta nazionale di Tongass e le foche comuni si lasciano trasportare vicino al bordo dell'acqua del ghiacciaio Mendenhall. Una crociera in catamarano per piccoli gruppi si insinua tra questi avvistamenti senza il trambusto di un'imbarcazione più grande.
Auke Bay, a nord del centro città, funge da punto di partenza principale, con il suo porto turistico riparato che si apre sulle aree di alimentazione dei canali Favorite e Saginaw. Da qui l'Inside Passage si sviluppa in un reticolo di isole boscose, ognuna delle quali funge da frangivento mantenendo il mare più calmo rispetto al Golfo dell'Alaska aperto. Il ghiacciaio stesso è arretrato di oltre un miglio dalla metà del ventesimo secolo, ridisegnando la costa che le barche oggi costeggiano. Una crociera alla scoperta della fauna costiera unisce spesso questi stretti alla parete blu del ghiacciaio, fondendo geologia e fauna marina in un unico pomeriggio sull'acqua.
Ciò che attira i viaggiatori verso il tour in barca piccola per l'avvistamento delle balene a Juneau non è tanto lo spettacolo, quanto la vicinanza: il soffio espirato da una balena che emerge, trasportato su acque tranquille, abbastanza vicino da essere udito.
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